Pasal 11

(1) Bendera Universitas: a. berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya 2/3 (dua pertiga) dari panjangnya; b. berwarna dasar putih (kode gradasi #FFFFFF) melambangkan keikhlasan dalam memperjuangkan dan menegakkan kebenaran dan keadilan serta mengembangkan misi lembaga; c. pada bagian tengah bendera terdapat lambang Universitas; dan d. pada bagian bawah lambang Universitas terdapat tulisan UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SULTAN AJI MUHAMMAD IDRIS SAMARINDA.

(2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana: a. berbentuk persegi panjang yang lebarnya 2/3 (dua pertiga) kali panjangnya; b. mempunyai warna dan makna sebagai berikut:

1. Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan berwarna hijau (kode gradasi #339900) melambangkan sikap pengasuhan dan harapan masa depan;
2. Fakultas Syariah berwarna hitam (kode gradasi #333333) melambangkan keteguhan iman, amal kebajikan, dan kewibawaan;
3. Fakultas Ushuluddin, Adab, dan Dakwah berwarna biru (kode gradasi #114cc2), melambangkan keluasan dan kedalaman ilmu pengetahuan dan kejernihan jiwa;
4. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna oranye (kode gradasi #FF6600), melambangkan kemuliaan dan kebahagiaan; dan
5. Program Pascasarjana berwarna merah (kode gradasi #CC0000), melambangkan semangat pengembangan ilmu. c. tulisan nama Fakultas dan Pascasarjana berwarna putih (kode gradasi #FFFFFF) yang melambangkan keikhlasan dalam memperjuangkan dan menegakkan kebenaran dan keadilan serta mengembangkan misi lembaga; d. pada bagian tengah bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana terpampang lambang Universitas; dan e. pada bagian bawah lambang Universitas terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas dan Pascasarjana berwarna hitam (C = 0, M = 0, Y = 0, K = 100).