Pasal 11

(1) Bendera Institut: a. bendera Institut berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. bendera Institut berwarna dasar hijau (kode gradasi #003333), melambangkan perjuangan dalam menegakkan kebenaran dan pembangunan nasional; c. di tengah-tengah bendera Institut terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang bertuliskan IAIN KEDIRI.

(2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana: a. berbentuk persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. warna dasar:

1. Fakultas Ushuludin dan Dakwah berwarna biru (kode gradasi #00FFFF), melambangkan kejernihan jiwa dan inklusivisme;
2. Fakultas Tarbiyah berwarna hijau (kode gradasi #00BB00) melambangkan harapan masa depan;
3. Fakultas Syari'ah berwarna hitam (kode gradasi #000000), melambangkan keteguhan iman, amal kebajikan, dan keadilan;
4. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna ungu (kode gradasi #BF00FF), melambangkan spiritual, kekayaan, dan kebijaksanaan; dan
5. Pascasarjana berwarna merah hati (kode gradasi #800000), melambangkan semangat pengembangan ilmu; c. di tengah bendera Fakultas dan Pascasarjana terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama Fakultas dan Pascasarjana.