Pasal 9

(1) Bendera Institut: a. bendera Institut berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. bendera Institut berwarna dasar hijau tua (gradasi kode #004400), melambangkan perjuangan menegakkan kebenaran dan pembangunan nasional; c. di tengah-tengah bendera Institut terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang bertuliskan: IAIN AMBON. (2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana terdiri dari unsur-unsur dan makna sebagai berikut: a. bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana berbentuk persegi panjang yang lebarnya dua pertiga kali panjangnya; b. Warna dasar bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana adalah:

1. Fakultas Syari'ah dan Ekonomi Islam berwarna hitam (gradasi kode #111111), melambangkan ketangguhan iman, amal kebajikan, dan keadilan;
2. Fakultas Ushuluddin dan Dakwah berwarna biru muda (gradasi kode #0000BB), melambangkan kematangan berfikir, kejernihan jiwa, dan kegigihan berjuang;
3. Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan berwarna hijau muda (gradasi kode #00AA00), melambangkan harapan masa depan;
4. Pascasarjana berwarna merah marun (gradasi kode #800000), melambangkan kedisiplinan c. di bagian tengah bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas dan Pascasarjana.