Pasal 9

(1) Bendera Institut: a. bendera Institut berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. bendera Institut berwarna dasar hijau tua (gradasi kode #005500), melambangkan perjuangan, kebenaran, dan pembangunan nasional; c. di tengah-tengah bendera Institut terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang bertuliskan: IAIN SULTAN AMAI GORONTALO. (2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana: a. bendera Fakultas dan Pascasarjana berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. warna bendera Fakultas dan Pascasarjana serta maknanya adalah:

1. Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan berwarna hijau muda (gradasi kode #00FF00), melambangkan kecerdasan dan profesionalisme;
2. Fakultas Syariah berwarna hitam (gradasi kode #111111), melambangkan keadilan dan kebenaran;
3. Fakultas Ushuluddin dan Dakwah berwarna biru muda (gradasi kode #00EEEE), melambangkan keteguhan dan kearifan;
4. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna ungu muda (gradasi kode #EE00EE), melambangkan kesejahteraan dan kemakmuran; dan
5. Pascasarjana berwarna merah hati (gradasi kode #CC0000), melambangkan ketajaman berfikir dan kedalaman ilmu. c. di tengah-tengah bendera Fakultas dan Pascasarjana terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas dan Pascasarjana.