Pasal 9

(1) Bendera Institut: a. bendera Institut berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. bendera Institut berwarna dasar biru terang melambangkan kedalaman ilmu, kedamaian dan kepulauan nusantara yang berada di antara dua lautan besar, wilayah yang mempertemukan berbagai peradaban dunia; c. di tengah-tengah bendera Institut terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang bertuliskan: IAIN SYEKH NURJATI CIREBON. (2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana: a. bendera Fakultas dan Pascasarjana berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. warna bendera Fakultas dan Pascasarjana serta maknanya adalah:

1. Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan berwarna hijau muda, melambangkan harapan masa depan;
2. Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam berwarna hitam, melambangkan keteguhan iman dan amal kebajikan;
3. Fakultas Ushuluddin, Adab, dan Dakwah berwarna biru muda, melambangkan kejernihan jiwa; dan
4. Pascasarjana berwarna merah tua, melambangkan semangat pengembangan ilmu dan kematangan intelektual; c. di tengah-tengah bendera Fakultas dan Pascasarjana terpampang lambang Institut; d. di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas dan Pascasarjana.