Pasal 9

(1) Bendera Institut: a. bendera Institut berbentuk segi empat panjang, yang lebarnya dua pertiga dari panjang; b. bendera Institut berwarna dasar hijau tua (gradasi kode#007220), melambangkan perjuangan menegakan kebenaran dan pembangunan nasional; c. dibagian tengah bendera terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang Institut terdapat tulisan IAIN Ternate.

(2) Bendera Fakultas: a. bendera Fakultas berbentuk segi empat panjang dan lebarnya dua pertiga dari panjang; b. warna dasar bendera Fakultas adalah:

1. Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan berwarna dasar hijau muda (gradasi kode#04F42B), melambangkan harapan masa depan;
2. Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam berwarna dasar hitam (gradasi kode#000000), melambangkan keteguhan iman, amal kebajikan, dan keadilan;
3. Fakultas Ushuluddin, Adab, dan Dakwah berwarna dasar biru muda (gradasi kode#0066FF), melambangkan kemampuan berfikir, kebersihan jiwa, dan kegigihan berjuang; a. di bagian tengah bendera Fakultas terpampang lambang Institut; dan b. di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas. (3) Bendera Pascasarjana: a. bendera Pascasarjana berbentuk segi empat panjang, yang lebarnya dua pertiga dari panjang; b. warna dasar bendera Pascasarjana:
4. bendera Pascasarjana berwarna dasar hijau (gradasi kode#00FF00)melambangkan kedalaman iman, keluasaan ilmu dan keluhuran budi pekerti. Tulisan Pascasarjana berwarna merah (gradasi kode#FF0000)melambangkan semangat yang tinggi dalam pelaksanaan Tridharma Perguruan tinggi;
5. dibagian tengah bendera terpampang lambang Pascasarjana; dan
6. di bawah lambang Pascasarjana terdapat tulisan IAIN Ternate.