Pasal 9

(1) Bendera Universitas: a. bendera Universitas berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. bendera Universitas berwarna hijau tua melambangkan perjuangan menegakkan kebenaran dan pembangunan nasional; c. ditengah-tengah bendera Universitas terpampang lambang Universitas; dan d. di bawah lambang bertuliskan: State Islamic University Sunan Kalijaga Yogyakarta. (2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana: a. bendera fakultas dan pascasarjana berbentuk empat persegi panjang dengan lebar dua pertiga dari panjangnya; b. warna dasar bendera fakultas dan pascasarjana beserta maknanya:

1. kuning untuk Fakultas Adab dan Ilmu Budaya, mencerminkan kemuliaan dan kebudayaan;
2. coklat muda untuk Fakultas Dakwah dan Komunikasi, melambangkan seruan kepada kebenaran;
3. hitam untuk Fakultas Syari’ah dan Hukum, menunjukkan keteguhan iman dan amal kebajikan;
4. hijau muda untuk Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan, mencerminkan harapan masa depan;
5. biru muda untuk Fakultas Ushuluddindan Pemikiran Islam, melambangkan kejernihan jiwa dan inklusifisme;
6. biru benhur untuk Fakultas Sains dan Teknologi, melambangkan kecermatan, ketelitian, dan ketenangan;
7. ungu muda untuk Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora, mencerminkan dinamika kehidupan;
8. orange untuk Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, mencerminkan kekuatan dan independensi;
9. merah hati untuk Pascasarjana, melambangkan semangat pengembangan ilmu. c. di tengah bendera fakultas dan pascasarjana terpampang lambang universitas.

d. di bawah lambang Universitas terdapat tulisan nama tiap fakultas dan pascasarjana.