Pasal 10

(1) Bendera Institut: a. bendera Institut berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya 2/3 (dua pertiga) dari panjangnya; b. bendera Institut berwarna dasar hijau tua (kode gradasi #284C33), melambangkan perjuangan menegakkan kebenaran dan pembangunan nasional; c. di tengah-tengah bendera Institut terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang bertuliskan IAIN PEKALONGAN.

(2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana terdiri dari unsur- unsur dan makna sebagai berikut: a. bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana berbentuk persegi panjang yang lebarnya 2/3 (dua pertiga) kali panjangnya; b. warna dasar bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana adalah:

1. Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan berwarna hijau muda (kode gradasi #A1FFA1) melambangkan harapan masa depan;
2. Fakultas Syari'ah berwarna hitam (kode gradasi #111111), melambangkan keteguhan iman, amal kebajikan, dan keadilan;
3. Fakultas Ushuludin, Adab, dan Dakwah berwarna biru muda (kode gradasi #43B6F0), melambangkan kematangan berfikir, kejernihan jiwa, kegigihan berjuang, dan inklusifisme;
4. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna orange (kode gradasi #FCA253), melambangkan kekuatan dan independensi; dan
5. Program Pascasarjana berwarna merah (kode gradasi #FF0000), melambangkan semangat pengembangan ilmu dan kematangan intelektual.