Pasal 12

(1) Bendera Institut: a. berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya 2/3 (dua pertiga) dari panjangnya; b. berwarna dasar hijau (kode gradasi #87a96b) melambangkan stabilitas, keseimbangan, ketenangan, dan kesabaran; c. di bagian tengah bendera Institut terdapat lambang Institut; dan d. di bawah lambang bertuliskan INSTITUT AGAMA ISLAM NEGERI FATTAHUL MULUK PAPUA yang berwarna hitam (kode gradasi #000000).

(2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana: a. bendera Fakultas dan Pascasarjana berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya 2/3 (dua pertiga) dari panjangnya; b. warna bendera Fakultas dan Pascasarjana serta maknanya:

1. Fakultas Tarbiyah berwarna hijau (kode gradasi #00610d), melambangkan kecerdasan, kelembutan, kesejukan, kehangatan, dan profesionalisme;
2. Fakultas Syariah berwarna merah (kode gradasi #8B0000), melambangkan ketegasan, keberanian dalam paradigma hukum kontemporer;
3. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna kuning (kode gradasi #ccac00), melambangkan keungulan, produktivitas, dan optimisme dalam pengembangan makro dan mikro ekonomi berbasis lokal; dan
4. Pascasarjana berwarna coklat (kode gradasi #32485C), melambangkan integrasi nilai agama dan budaya dalam masyarakat majemuk yang humanis dan terbuka. c. di bagian tengah bendera Fakultas dan Pascasarjana terdapat lambang Institut dengan garis pinggir berwarna hitam (kode gradasi #000000); d. di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama Fakultas dan Pascasarjana; dan e. pada pinggir bendera terdapat rumbai berwarna emas (kode gradasi #FFD700).