Pasal 11

(1) Bendera Institut: a. bendera Institut berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya 2/3 (dua pertiga) dari panjangnya; b. bendera Institut berwarna dasar putih melambangkan keikhlasan dalam memperjuangkan dan menegakkan kebenaran dan keadilan serta mengembangkan misi lembaga; c. di tengah-tengah bendera Institut tertera lambang Institut; dan d. di bawah lambang bertuliskan: IAIN SAMARINDA. (2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana terdiri dari unsur- unsur dan makna sebagai berikut: a. bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana berbentuk persegi panjang yang lebarnya 2/3 (dua pertiga) kali panjangnya;

b. warna dasar bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana:

1. bendera Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan berwarna hijau muda [kode gradasi #339900] melambangkan sikap pengasuhan dan harapan masa depan. Tulisan nama Fakultas berwarna putih; melambangkan keikhlasan dalam memperjuangkan dan menegakkan kebenaran dan keadilan serta mengembangkan misi lembaga;
2. bendera Fakultas Syari'ah berwarna hitam [kode gradasi #333333] melambangkan keteguhan dan kewibawaan. Tulisan nama Fakultas berwarna putih, melambangkan keikhlasan dalam memperjuangkan dan menegakkan kebenaran dan keadilan serta mengembangkan misi lembaga;
3. bendera Fakultas Ushuludin, Adab, dan Dakwah berwarna biru tua [kode gradasi #003399] melambangkan keluasan dan kedalaman ilmu pengetahuan. Tulisan nama Fakultas berwarna putih; melambangkan keikhlasan dalam memperjuangkan dan menegakkan kebenaran dan keadilan serta mengembangkan misi lembaga;
4. bendera Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna oranye [kode gradasi #FF6600] melambangkan kemuliaan dan kebahagiaan. Tulisan nama Fakultas berwarna putih; melambangkan keikhlasan dalam memperjuangkan dan menegakkan kebenaran dan keadilan serta mengembangkan misi lembaga; dan
5. bendera Program Pascasarjana berwarna merah [kode gradasi #CC0000], melambangkan kesungguhan dan kegigihan dalam mengembangkan keilmuan;

Tulisan program Pascasarjana berwarna putih [kode gradasi #FFFFFF], melambangkan keikhlasan dalam memperjuangkan dan menegakkan kebenaran dan keadilan serta mengembangkan misi lembaga. c. di bagian tengah bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana terpampang lambang Institut; dan d. di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas dan Pascasarjana.