Pasal 10
BAB 2 — IDENTITAS
(1) Bendera Institut: a. berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. berwarna dasar hijau (kode gradasi #008000), melambangkan perjuangan menegakkan kebenaran, kedamaian, dan pembangunan nasional. c. di tengah bendera Institut terdapat lambang Institut; dan d. di bawah lambang terdapat tulisan IAIN KUDUS. (2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana: a. berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya; b. warna bendera Fakultas dan Pascasarjana serta maknanya:
Fakultas Tarbiyah berwarna dasar hijau (kode gradasi #ADFF2F) melambangkan generasi penerus bangsa dan calon pemimpin masa depan yang terdidik;
Fakultas Syariah berwarna dasar merah (kode gradasi #FF0000), melambangkan keberanian dalam menegakkan kebenaran dan keadilan;
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna putih (kode gradasi #FFFFFF) melambangkan nilai kesucian, kejujuran, transparansi, dan keikhlasan;
Fakultas Ushuluddin berwarna dasar biru (kode gradasi #ADD8E6), melambangkan keluasan dan kedalaman ilmu Islam;
Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam berwarna dasar coklat (kode gradasi #D2691E), melambangkan prinsip Islam yang humanis, membumi, dan menghormati kearifan lokal; dan
Pascasarjana berwarna dasar kuning (kode gradasi #FFD700), melambangkan karakter kecemerlangan, kematangan intelektual, dan kemuliaan. c. di tengah bendera Fakultas dan Pascasarjana terlukis lambang Institut; dan d. di bawah lambang Institut terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas dan Pascasarjana.