Pasal 10

(1) Bendera Universitas: a. berbentuk empat persegi panjang dengan ukuran lebar 2/3 (dua pertiga) dari panjangnya; b. berwarna dasar hijau (gradasi kode #284C33), melambangkan perjuangan menegakkan kebenaran dan pembangunan nasional; c. di tengah bendera Universitas terpampang lambang Universitas; dan d. di bawah lambang bertuliskan UNIVERSITAS ISLAM NEGERI K.H. ABDURRAHMAN WAHID PEKALONGAN.

(2) Bendera Fakultas dan Pascasarjana: a. berbentuk empat persegi panjang dengan ukuran lebar 2/3 (dua pertiga) dari panjangnya; b. warna bendera dan maknanya:

1. Fakultas Tarbiyah dan Ilmu Keguruan berwarna hijau (kode gradasi #A1FFA1), melambangkan harapan masa depan;
2. Fakultas Syariah berwarna hitam (kode gradasi #111111), melambangkan keteguhan iman, amal kebajikan, dan keadilan;
3. Fakultas Ushuluddin, Adab dan Dakwah berwarna biru (kode gradasi #43B6F0), melambangkan kematangan berfikir, kejernihan jiwa, kegigihan perjuangan, dan inklusifisme;
4. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam berwarna orange (kode gradasi #FCA253), melambangkan kekuatan dan independensi;
5. Pascasarjana berwarna merah (kode gradasi #FF0000), melambangkan semangat pengembangan ilmu pengetahuan dan kematangan intelektual; c. pada bagian tengah bendera Fakultas dan bendera Pascasarjana terpampang lambang Universitas; dan d. pada bagian bawah lambang Universitas terdapat tulisan nama masing-masing Fakultas dan Pascasarjana serta tulisan UIN K.H. ABDURRAHMAN WAHID PEKALONGAN.