Pasal 3
(1) Pelaksanaan pembangunan dan pengelolaan KAPET dilakukan oleh Badan Pengelola KAPET yang terdiri dari unsur Pemerintah Pusat, Pemerintah Daerah Tingkat I dan Pemerintah Daerah Tingkat II.
(2) Ketua dan Wakil Ketua Badan Pengelola KAPET diangkat dan diberhentikan oleh PRESIDEN atas usul Tim Pengarah segbagaimana dimaksud dalam Pasal 2.
(3) Ketua Badan Pengelola KAPET yang terletak di wilayah timur INDONESIA berasal dari keanggotaan Dewan Pengembangan Kawasan Timur INDONESIA.
(4) Wakil Ketua Badan Pengelola KAPET sekaligus berfungsi sebagai Pelaksana Harian Badan Pengelola KAPET dan berkedudukan di lokasi KAPET yang bersangkutan.
(5 Anggota Badan Pengelola KAPET diangkat dan diberhentikan oleh Ketua Badan Pengelola KAPET atas usul Pelaksana Harian.
(6) Dalam pelaksanaan tugasnya, Badan Pengelola KAPET memperhatikan arahan kebijaksanaan yang ditetapkan Tim Pengarah."
- Ketentuan Pasal 4 diubah,sehingga seluruhnya menjadi berbunyi sebagai berikut: